Пестовский район граничит на западе с поселком Мошенское, на северо-западе – с Хвойнинским районом , на северо-востоке – с Вологодской областью, на юге – с Тверской областью. Город Пестово , являющийся районным центром, находится на расстоянии 320 км от областного центра, г. Великого Новгорода. Район пересекают железная дорога, связывающая Москву с Санкт-Петербургом, протяженностью на территории района 75 км, шоссейная дорога Валдай - Устюжна протяженностью на территории района 70 км.

  Рельеф Пестовского района имеет пологоволнистый характер. Главное богатство района - это леса. Преобладают ель, сосна с примесью мелколиственных пород - березы, осины, ольхи.Земельные ресурсы района – 211 тыс. га, из них сельхозугодия - 18%,
леса – 71 %.Основной водной артерией является река Молога, пересекающая район с северо-востока на юго-запад.В юго-западной части района находится основная масса озер: Меглино, Луко, Щегрино, Белое, Черное, Соминец, Рыдоложь и другие.